土地确权纠纷主要涉及权属不清、边界争议、登记错误等问题，处理需遵循“先协商、再调解、后行政、终诉讼”的原则，且权属争议必须先经政府处理，不可直接起诉，全程需依法依规，避免激化矛盾。
首先，优先自行协商，这是成本最低、效率最高的方式。纠纷双方核对承包合同、确权证、分地台账等相关证据，在不改变土地现状、不抢种抢建的前提下，面对面协商边界、面积及归属，达成一致后签订书面协议，作为后续确权依据。
协商不成，可申请村、镇调解。向村委会、人民调解委员会或乡镇农业农村办、司法所提出调解申请，由相关部门介入协调。调解成功后签订调解协议书，可申请司法确认，具备强制效力；调解失败则进入行政处理环节。
行政处理是法定前置程序，需向对应政府部门申请确权。个人之间、个人与单位纠纷向乡政府或县级自然资源局申请，单位之间、村与村纠纷向县级以上政府申请，提交申请书、身份证明、权属证据等材料，政府会经调查勘验、先行调解后，6个月内作出确权决定。
对政府确权决定不服，可在30日内提起行政诉讼（部分地区需先复议），由法院审查决定合法性。纠纷解决前，任何一方不得改变土地现状、抢种建房。同时，已确权发证有争议需先申请更正登记，无证件纠纷按长期实际使用、集体认可原则认定，确保处理公平合规。
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